《我兜里的女总裁》的故事充满奇幻色彩。主角意外获得神奇能力，能将女总裁变小放在兜里。女总裁原本高高在上，习惯了掌控一切，突然变成这般微小的模样，内心充满愤怒与不甘。而主角起初面对这一状况也十分慌乱，但逐渐发现这一能力带来的便利。在相处过程中，两人从最初的互相看不顺眼，到后来在一次次危机中相互扶持。他们共同面对来自公司内部的阴谋、外部的商业竞争等难题，在解决问题的过程中，感情也发生了奇妙的变化，女总裁看到了主角善良勇敢的一面，主角也理解了女总裁的不易，一段别样的故事就此展开。